密度梯度离心技术分离稳定同位素的方法
导读:有别于传统的通过富集分离纯化技术获得一些纯培养污染物降解功能微生物，稳定同位素技术（SIP-DNA）可以更加便捷的鉴定出功能基因。本研究上海安亭科学仪器厂针对 SIP-DNA 中密度梯
来源：未知
发布日期：2020-01-09 11:45【大 中 小】
据上海安亭科学仪器厂了解到超速离心机是分子生物实验室最常用的科研仪器之一，能将具有不同沉降系数、质量和密度的混合物在离心机高速旋转产生的离心力场作用下进行快速分离、浓缩和纯化。密度梯度区带离心法(简称区带离心法)，是超速离心机常用的一种离心方法，在一定的离心力下将加入惰性梯度介质的样品进行离心沉降，把所需的颗粒分配到梯度中某些特定位置，形成不同区带的分离方法。该法能够在保持颗粒活性条件下很好地将不同颗粒的物质进行分离。上海安亭科学仪器厂为探究环境中降解某种污染物功能微生物，传统的方法是通过加大富集培养和分离的方式获得。然而，并非所有微生物都可以获得纯培养，而且实验室条件下获得可培养的土壤微生物受到很多因素的限制。所以通过传统方式获得的某种污染物的功能降解菌可能无法准确反映污染环境中微生物分布的真实情况，也不能预测功能微生物对底物的同化代谢水平。
本研究上海安亭科学仪器厂就从这些问题出发，采用密度梯度离心法中的等密度区带离心法，以贝克曼公司的OptimaXPN-100超速离心机，VTI-90垂直转头为例，用氯化铯为介质，构建了超速离心机分离SIP-DNA样品的条件、相关参数，以及如何根据离心后样品的指标判定样品是否有效分离。目前该技术在国内只有少数几个团队使用，掌握该技术，可以为高校科研和教学提供强有力的技术手段，而且大大提高昂贵的超速离心机的使用价值。
FastDNA快速提取试剂盒（MoBioLaboratories,SolanaBeach,CA），CsCl（AR99%，成都西亚试剂），Tris-EDTA（TE，pH8.0）。OptimaXPN-100超速离心机，贝克曼垂直转子VTI-90（最高转速(rpm)90000，最大相对离心力(×g)645000，最大容量(ml)8×5.1），ND-1000UV-vis紫外可见分光光度计（NanoDropTechnologies，Wilmington，DE），AR200数显手持式折光仪（LeicaMicrosystemsInc.）。
密度梯度离心技术是实现SIP-DNA样品分离的关键技术，本研究上海安亭科学仪器厂通过实验获得了超速离心机分离SIP-DNA样品的最佳条件（以CsCl为惰性介质，在20℃，45000g离心48小时，离心后分为14层）。根据每层的浮力密度和DNA浓度这两个参数可以判定分离是否成功，成功分离后的重的同位素样品与正常样品相比不仅相同层数浮力密度大，在相同浮力密度层DNA浓度最大位置也会比较靠后。该技术可为后续16SrRNA高通量测序提供前提和保障。根据高通量数据结果可以从整体水平上反应环境样品微生物群落水平，也可以更准确的认识自然条件下微生物的作用与具体的功能微生物。
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